Após a instrução do SELECT, utilize o comando INTO OUTFILE para definir o destino do arquivo, e os comandos FIELDS TERMINATED BY, ENCLOSED BY e LINES TERMINATED BY para configurar a formatação do arquivo que será gerado.
Exemplo:

SELECT id, nome
FROM documento
INTO OUTFILE '/tmp/documento.csv'
FIELDS TERMINATED BY ','
ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY '\n';